Entre 1568 y 1571 tuvo lugar el acontecimiento conocido como “rebelión de las Alpujarras”, en la que la abundante población morisca del Reino de Granada se alzó en protesta contra la Pragmática Sanción que limitaba las libertades religiosas y culturales de dicha población.
Tras lograrse sofocar la revuelta gracias a la intervención de Don Juan de Austria, los musulmanes que sobrevivieron —se estiman unos 80.000 en todo el reino granadino— fueron dispersados hacia otros lugares de la Corona de Castilla, especialmente hacía Andalucía y las dos Castillas, para evitar otra sublevación. En 1609 el rey Felipe III decretó la total expulsión de los moriscos españoles, aunque esta medida no afectó demasiado al Reino de Granada dado que apenas si quedaba algún morisco en este territorio después de 1571.
Para suplir el despoblamiento que hubo como consecuencia, ya en tiempos de Felipe II se fomentó el asentamiento en toda La Alpujarra de campesinos procedentes principalmente de otros lugares de Andalucía Occidental (34%), Castilla la Nueva (25%), reinos de Valencia (8%), de Murcia (5%) y de Galicia (5%), e incluso del mismo Reino de Granada, a pesar de que las condiciones establecidas prohibían que los colonos tuvieran su origen en el mismo. La presencia de colonizadores originarios de otros territorios de la corona fue escasamente significativa.
La Alpujarra fue sucesivamente colonizada por íberos y celtas, por la antigua Roma, y por visigodos, antes de la conquista musulmana de Hispania durante el siglo VIII; no obstante, el historiador árabe Ibn Ragid declara que la región no fue conquistada por los árabes debido a la aspereza de su territorio. Su colonización, por tanto, hubo de ser posterior y realizarse modo muy paulatino. La región fue el último refugio de los moriscos, a quienes se les permitió permanecer allí hasta mucho después de la caída del Reino Nazarí de Granada en 1492. Tras la revuelta morisca de 1568, (durante la que Abén Humeya, de nombre cristiano Fernando de Córdoba y Válor, se proclamó Rey de la Alpujarra) la población morisca fue expulsada de la región tras que ésta fuese usada como su base militar. Por orden de la corona española, se requirió que dos familias moriscas permaneciesen en cada villa para ayudar a los nuevos habitantes, introducidos desde tierras de Castilla (fundamentalmente procedentes de otros lugares de Andalucía, así como castellanos, gallegos y leoneses), y enseñarles la forma de trabajar las terrazas y los sistemas de irrigación de los que depende la agricultura de la región. Sin embargo, la repoblación fracasó y los sistemas agrícolas se perdieron, sustituidos por especies y métodos de origen castellano.
La influencia de la población árabe se puede observar, lógicamente, en el paisaje agrario, la arquitectura cúbica (interaccionada con la arquitectura beréber de las montañas marroquíes del Atlas), la cocina local, el tejido de alfombras y jarapas y en numerosos nombres de lugar de origen árabe. También en la permanencia de manifestaciones culturales como el Trovo.